Innan halvleken var över hade AIK vänt. Först kvitterade hemmalaget efter samarbete mellan lagets skyttekung Rui Modesto och Ioannis Pittas.
På tilläggstid gjorde Anton Salétros 2–1-målet via frispark.
AIK klättrar nu uppåt till femte plats, en poäng före och en match mer spelad än sjätte plats Häcken. BP ligger på tionde plats.
Tidigare i veckan sparkade IFK Värnamo tränaren Anes Mravac. I samma veva presenterades Ferran Sibila som ny tränare.
I Sibilas första match som Värnatränare blev det kryss mot BK Häcken på Bravida arena, och en värdefull poäng i bottenstriden.
Hemmalaget började bäst, och Jeremy Agbonifo gjorde sitt första allsvenska mål efter 27 minuter.
I andra halvlek kom Värnamo mer in i matchen. Och efter att Gustav Engvall fälldes i straffområdet tilldömdes bortalaget en straff som Ajdon Zeljkovic förvaltade på bästa sätt.
Efter dagens 1-1-resultat ligger Värnamo kvar på kvalplatsen, Häcken på sjätte plats.