Människor som bor i området uppmanas att ta skydd i bygdegårdar och andra offentliga byggnader.
I kuststaden Miyazaki skadades 26 personer i stormen, medan 126 fall av skador på byggnader rapporterades, säger en tjänsteman till AFP.
Enligt den japanska tv-kanalen NHK har upp till 50 personer skadats i Miyazaki och den närliggande staden Kagoshima, medan en person saknas. De flesta skadorna var små och hade orsakats av rutor som krossats av den starka vinden, enligt NHK.
Hundratals flyg är på grund
Redan innan tyfonen nådde Japans kust utlöste det kraftiga regnet ett jordskred som krävde tre människoliv när ett hus kollapsade i staden Gamagori sent på tisdagen. Ytterligare två personer skadades.
Oron är stor för vad de kommande dagarna kommer att innebära, när tyfonen sakta rör sig uppåt över landet. Katastrofhanteringsminister Yoshifumi Matsumura sa på onsdagen att tyfonen kan orsaka “oöverträffade” nivåer av våldsamma vindar, stormfloder och höga vågor.
Hundratals inrikesflyg, regionaltåg och några lokaltåg är inställda under torsdagen. Postleveranser är tillfälligt inställda på Kyushu och många livsmedelsbutiker och andra butiker planerar att förbli stängda.
