Enligt radion har det varit stopp på sträckan sedan klockan 16.30.
Mälartåg, som kör sträckan, skriver på sin hemsida att vissa tåg är inställda, medan andra tar en annan väg. Vissa avgångar har ersatts av buss.
Det är oklart när trafiken kan flyta på som vanligt igen.
SMHI har varnat för åskväder i nordvästra Götaland och västra Svealand under torsdagseftermiddagen och fram till midnatt. Berörda län är Örebro, delar av Västra Götaland, Värmland, Dalarna, Halland och Sjuhärad.
Under natten drar ovädret vidare österut och inför fredagen har en ny varning utfärdats i östra Svealand. Det gäller åskväder i Stockholms län och delar av Södermanlands och Uppsala län.
