Stormen kommer att passera Stockholm, samt delar av Södermanland och Uppsala län, mellan klockan 04.00 och 12.00 på fredagen.
Upp till 40 millimeter regn väntas falla, enligt SMHI. Skurrarna, med inslag av kraftig åska, kan ge skyfallsliknande regn. Det kan också hagla.
SMHI varnar för översvämningar i till exempel källare, vägar och viadukter. Dessutom kan blixtnedslag störa elförsörjningen samt tåg- och biltrafiken.
Det finns också risk för att bränder uppstår.
Åskan rör sig främst ut i havet och det är osäkert om den kommer att flytta in över Sverige.
Unga människor träffades av blixten
Under torsdagen varnade SMHI för åskväder i delar av Götaland och Svealand. SMHI säger till Kvällstidningen att den slog ner 30 000 blixtar på bara några timmar.
Ovädret tog sig även in över Stockholm och på Lidingö skadades åtta barn efter att blixten slog ner på en fotbollsplan. Tre av dem är allvarligt skadade.
SMHI överrumplades av åskan. Enligt dem kom stormen plötsligt och därför hade de inte gått ut med någon varning där.
– Det fanns ingen tydlig signal i vår prognos om att det skulle bli ett så kraftigt åskväder som det var under den korta perioden. Det finns alltid en risk när luftmassan är varm och fuktig, att den kan blomma, men vi kan inte alltid fånga den helt korrekt, säger Petter Lind, meteorologen, till Aftonbladet.