Av totalt 6 065 fall av försvunna personer som försvann i samband med kriget 1998–1999 är 1 607 olösta.
Det nya avtalet innebär inrättandet av en arbetsgrupp för att genomföra den deklaration som antogs av Serbiens president Aleksandar Vucić och Kosovos premiärminister Albin Kurti förra året. Tisdagens uppgörelse i Bryssel ses som en framgång då den kommer i en tid av ökade spänningar mellan länderna, bland annat i form av våldsamma sammandrabbningar.
Enligt deklarationen från 2023 ska parterna arbeta nära varandra när det gäller att identifiera gravplatser.
De lovar också att ge varandra full tillgång samt tillförlitlig och korrekt information i arbetet med att hitta och identifiera de försvunna personerna.
Sökandet leds av Internationella Röda Korsets kommitté.