Förlikningen stoppas eftersom domaren är missnöjd med de kriterier som avdelningen har satt för urvalet av den oberoende observatören som ska se till att företaget följer reglerna.
Boeing gick i juli med på att erkänna sig skyldig till att ha försökt lura den amerikanska regeringen genom att vilseleda tillsynsmyndigheter om ett flygledningssystem ombord på Boeing 737 Max-planen, som senare var inblandade i kraschen.
Det handlar om de två flygolyckorna i Indonesien och Etiopien 2018 och 2019, som tillsammans krävde 346 människors liv.
Boeing och justitiedepartementet har nu 30 dagar på sig att ta reda på hur de ska gå vidare. De har ännu inte kommenterat den federala domarens beslut.
