En FN-delegation, inklusive WHO-chefen Tedros Adhanom Ghebreyesus, befann sig på flygplatsen i Sanaa när den attackerades på torsdagen.
Samtidigt taxade ett civilt flygplan, en Airbus 320 från Yemenia Airways, in efter landning.
– Lyckligtvis kunde det planet landa säkert och passagerarna kunde gå av, men det kunde ha varit mycket, mycket värre, säger Julien Harneis på en direktsänd presskonferens från Sanaa.
Flygplatsens kontrolltorn förstördes i attacken. Enligt Harneis genomfördes ett flyganfall cirka 300 meter söder om VIP-loungen där FN-delegationen befann sig och ytterligare cirka 300 meter norr om den.
– Vi hade uppenbarligen noll indikationer på att eventuella flyganfall skulle äga rum, men vi kan inte heller minnas när ett flyganfall senast ägde rum i Sanaa i dagsljus, säger Harneis.
Enligt FN dödades minst tre personer i attackerna och dussintals skadades. Bland de skadade fanns en besättningsmedlem på FN-planet, som fick en allvarlig splitterskada i ett ben och förlorade mycket blod.
FN-delegationen, inklusive den skadade besättningsmedlemmen, kunde flygas till Jordanien på fredagseftermiddagen – trots avsaknaden av ett fungerande kontrolltorn på flygplatsen.
Det sa den israeliska militären att man inte var medveten om att FN-delegationen befann sig på flygplatsen, som Israel säger bombades eftersom den används av den islamistiska Houthi-rörelsen.
På sin presskonferens betonade Julien Harneis dock att flygplatsen i fråga är civil, inte militär. Den används för att transportera humanitära hjälparbetare och för ett civilt flygbolag: Yemenia Airways mellan Sanaa och Amman i Jordanien. Enligt Harneis kom flyglinjen till som ett resultat av ett internationellt avtal och används av tusentals jemeniter för att få medicinsk behandling utomlands.
De Iran-stödda Huthi-rebellerna har upprepade gånger attackerat Israel, enligt dem själva som svar på Israels krigföring i Gaza. Tidigt på lördagsmorgonen rapporterade det israeliska flygvapnet att ytterligare en drönare från Jemen hade skjutits ner, efter att sirener ljudit nära Jerusalem och Döda havet.