De senaste fem dagarnas regn motsvarar all nederbörd under de senaste sex månaderna, enligt Malaysias premiärminister Anwar Ibrahim. Och fler sägs vara på väg. Myndigheterna jobbar mot klockan för att hitta nya skyddsrum och evakueringsvägar.
Situationen uppges vara särskilt illa i de malaysiska delstaterna Kelantan och Terengganu, där stora mängder vägar och hus har skadats. Omkring 91 000 människor i åtta delstater sitter fortfarande på huk i skolor och jourhem, en minskning från under helgen då 150 000 tvingades bort från sina hem.
I Malaysia rapporteras sex personer ha dött och i Thailand omkring 25. Där har många skolor och sjukvårdsinrättningar stängts och närmare 35 000 människor har flytt från sina hem.
Nederbörden beskrivs som ovanligt kraftiga monsunregn.