Coote har under hösten uppmärksammats för videoklipp där han talade nedsättande om förre Liverpool-tränaren Jürgen Klopp, och i ett annat ska han ha tagit kokain.
Tidningen Sun uppgav nyligen att de hade kommit över ett sms som bevisar att Coote varnade Leeds-spelaren Ezgjan Alioski under en match 2019 efter att han i förväg kommit överens med en supporter.
I ett uttalande skriver elitdomarförbundet (PMGOL):
“Efter en grundlig undersökning av David Cootes beteende har vi kommit fram till att hans anställning hos PMGOL idag avslutas med omedelbar verkan.”
Coote har varit avstängd i väntan på utredning sedan den 11 november.
Även engelska FA och UEFA utreder Coote.