Hittills har fem offer hittats och flera personer vårdas på sjukhus med allvarliga skador. 39 andra har räddats av närliggande fartyg och av den grekiska kustbevakningen och militären. Flera personer som har räddats har vittnat om att minst 80 personer var ombord på båten när den sjönk.
Olyckan inträffade strax söder om den lilla ön Gavdos, som ligger söder om Kreta, sent på fredagen.
I två andra separata incidenter utanför Gavdos på lördagen lokaliserades och räddades 88 migranter av ett brittiskflaggat tankfartyg och 47 personer av ett maltesiskflaggat lastfartyg, också söder om ön.
I slutet av november dog åtta migranter, sex av dem minderåriga, norr om ön Samos, på en rutt som ofta används av människosmugglare.
Grekland har sett en 25-procentig ökning av antalet migranter i år – bara semesterön Rhodos har sett en 30-procentig ökning, enligt migrationsdepartementet.
